Galaxy (sur une instance publique) permet :

  • de lancer des outils bioinformatiques sans connaissance préalable de la ligne de commande
  • d’installer ses propres outils soi-même

Github est conseillé pour y déposer :

  • son code
  • ses données de séquençage

Quels outils sont dédiés au mapping de données RNAseq sur une référence ?

  • Hisat2
  • STAR
  • HTSeqCount
  • Trinity

Le séquençage illumina en paired-end permet :

  • de connaître la séquence des extrémités des fragments d’ADN de ma banque
  • de connaître la séquence entière des fragments de ma banque

La qualité d’une base d’une base dans un fichier FASTQ :

  • est codée sur un seul caractère
  • est toujours codée sur la même plage de caractères ASCII

Dans un fichier SAM, le FLAG permet de savoir :

  • la qualité de mapping du read
  • si le read est mappé
  • si le read a sa paire mappée également
  • si le read provient du fichier FASTQ contenant les R1

Le format FASTQ comprend 2 lignes par read

  • VRAI
  • FAUX

Tous les outils bioinformatiques sont multithreadés

  • VRAI
  • FAUX

En RNAseq, il est généralement préférable d’avoir des réplicats qu’une grande profondeur de séquençage ?

  • VRAI
  • FAUX

À quoi sert le séquençage orienté (“stranded”) ?

  • à différencier le brin d’origine des transcrits
  • à améliorer la qualité de séquençage des ARN
  • à diminuer le nombre d’étapes lors de la préparation de la banque de séquençage
  • à doubler la profondeur de séquençage

Quelles sont les techniques couramment utilisées pour acquérir des données en métabolomique?

  • résonance magnétique nucléaire
  • spectrométrie de masse
  • résonance plasmonique de surface
  • microcalorimétrie

Avec quelle technologie de séquençage est il possible de faire du séquençage d’ARN direct ?

  • Ion Torrent
  • Illumina
  • Pacific Biosciences
  • Oxford nanopore

J’ai généré 2 000 000 de paires de lectures de 150 ncucléotides. La taille estimée de mon génome est 5 Mb. Quelle est ma profondeur de séquençage ?

  • 1200
  • 120
  • 60
  • 6

Quel est le débit maximal d’un séquenceur Illumina actuel ?

  • 6 Tb
  • 6 Gb
  • 600 Gb
  • 6 Pb

Sachant que Q est le score de Qualité et P la probabilité d’avoir une erreur à une position donnée, comment se calcule la qualité ?

  • Q = 1/log(P)
  • Q = -10 log10 P
  • Q = 1/(P*1000)
  • Q = 10-P
 

A work by Migale Bioinformatics Facility

https://migale.inrae.fr

Our two affiliations to cite us:

Université Paris-Saclay, INRAE, MaIAGE, 78350, Jouy-en-Josas, France

Université Paris-Saclay, INRAE, BioinfOmics, MIGALE bioinformatics facility, 78350, Jouy-en-Josas, France